法官助理薪點折合率以全國軍公教員工待遇調整時之最高標準支給，其月支報酬依下列規定：
一、以大學學歷聘用者，自三六○薪點起敘；其具有高等考試、相當高等考試之特種考試、專門職業及技術人員高等考試及格者，自三七六薪點起敘，最高得敘至四二四薪點。
二、以碩士學歷聘用者，自三九二薪點起敘；其具有高等考試、相當高等考試之特種考試、專門職業及技術人員高等考試及格者，自四○八薪點起敘，最高得敘至四七二薪點。
三、以博士學歷聘用者，自四二四薪點起敘；其具有高等考試、相當高等考試之特種考試、專門職業及技術人員高等考試及格者，自四四○薪點起敘，最高得敘至五二○薪點。
四、離職後再任之法官助理，如離職時所支薪點較依前三款資格所敘薪點高者，以該較高薪點敘薪。
第10條
法官助理於任職期間取得更高學歷或取得高等考試、相當高等考試之特種考試、專門職業及技術人員高等考試及格前，如已支領前條各款較高薪點時，不予改敘。如得改敘較高薪點者，應於取得改敘資格後，向智慧財產法院提出書面申請，並自申請改敘之日起生效。
第11條
智慧財產法院借調他機關人員充任法官助理者，應得他機關之同意。其以全部時間借調者，其借調期間最長不得逾一年。如有必要，得續行借調，並以三次為限。
第12條
以全部時間借調至智慧財產法院充任法官助理者，借調期間之平時考核及差假由智慧財產法院負責辦理，並於每年年終或借調期滿歸建時，將平時考核及差假勤惰有關資料，送其原服務機關，作為獎懲及考績之依據。遇有具體功過發生時，依上述程序及權責隨時辦理。
以部分時間借調至智慧財產法院充任法官助理者，於借調期間之平時考核，由原服務機關與智慧財產法院分別辦理，智慧財產法院於每年年終或借調期滿歸建時，將借調期間之考核紀錄送原服務機關參考，作為獎懲及考績之依據。遇有具體功過發生時，依上述程序及權責隨時辦理。借調期間之差假由原服務機關依權責辦理，並應會知智慧財產法院。
第13條
借調至智慧財產法院充任法官助理者，其薪資由原服務機關支給。
第14條
智慧財產法院對於借調充任法官助理之人員，應按季定期檢討，有不適任情形或無繼續借調之必要者，應即予歸建。
第15條
本辦法自智慧財產法院組織法施行之日施行。
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